Построен в 1836—1845 годах (инженер-полковник В. П. Лебедев по проекту М. Г. Дестрема).

Карбоньер разработал проект двух морских фортов для укрепления оборон южного фарватера. По форме форты представляли собой верхнюю часть лежащего горизонтально тора, благодаря чему в любой точке крепостной стены она представляла собой поверхность двоякой кривизны, что должно было вести к рикошету круглых ядер. В стенах, выходивших на внутреннюю сторону форта, предполагалось устроить бойницы для борьбы с возможным проникновением десанта противника. В цокольной части стены предполагалось устроить помещения для размещения пусковых установок ракет. Однако этот оригинальный проект не был осуществлён, хотя стены у самого уреза воды у реализованного сооружения получили вогнутую форму, что в значительной степени предохранило стены от прибойной волны. В дальнейшем все вновь сооружаемые форты проектировались с учётом размещения ракетных установок.

Это был типичный казематированный морской форт того времени. На него похож известный форт Байяр у Западного побережья Франции, строительство которого завершилось позже «Александра I».

Форт был начат постройкой в 1836 г. и стал первым многоярусным фортом эпохи гладкоствольной артиллерии.

Во внутреннем дворе размещалась полубашня с винтовыми чугунными лестницами, представлявшими большую историческую и художественную ценность. Здесь же находились помещения для ядрокалильных печей. Постройку начали с установкой на воде деревянных кружал — шаблонов, по которым начали устанавливать ряжи. Под основание было забито 5335 свай, спиленных под один уровень, а пространство залили бетоном на основе гидравлической извести. По бетону начали кладку гранитных блоков. Летом 1842 года началась кладка стен из специально отобранного кирпича. Затем форт по всему периметру был одет гранитом.

Торжественная передача форта от строительного департамента состоялась 27 июля 1845 года. Форт был вооружён 103 орудиями, в число которых входили и новейшие трёхпудовые бомбические пушки, бывшие в то время самыми мощными крепостными орудиями.

В 1896 году форт был исключён из списка оборонительных сооружений.

В 1898 году на базе Императорского института экспериментальной медицины была создана «Особая комиссия для предупреждения занесения чумной заразы и борьбы с нею в случае ея появления в России» (КОМОЧУМ). В конце XIX в. в России вспыхнула эпидемия бубонной чумы. Уединённый форт оказался наиболее подходящим местом для размещения Особой лаборатории (станции) по производству вакцины с использованием лошадей в качестве рабочего материала. Форт был оборудован паровым отоплением конюшен, лифтом для подъёма животных и печью для их кремации. 27 июля 1899 г. состоялось торжественное освящение станции.

После этого на форте поселилось несколько врачей, в числе которых были Д. К. Заболотный, М. Г. Тартаковский и другие. Во время работы заведующий Особой лабораторией В. И. Турчинов-Вилькевич (Выжникевич?) и доктор М. Ф. Шрайбер заразились и их тела после смерти также были сожжены в кремационной печи. После этого, даже по упразднению лаборатории, за фортом осталось неофициальное название «Чумной форт».